중소기업 취업자 소득세 감면 부적격 통지를 받으면 회사는 그동안 감면받은 세액에 5%를 더해 세금을 다시 걷습니다. 회사는 통지일 이후 급여를 지급할 때 이 금액을 포함하여 납부해야 합니다.

세무서에서 부적격 통지를 받은 **원천징수의무자(세금을 대신 걷어 납부하는 회사)**와 근로자는 정해진 절차에 따라 부족한 세금을 정산합니다. 회사는 원래 냈어야 할 세액에서 부족한 금액을 계산한 뒤, 여기에 105%를 곱해 가산된 금액을 산출합니다. 산출한 금액은 해당 월의 원천징수세액에 더해 세무서에 신고합니다. 이 과정은 「조세특례제한법」에 따라 진행됩니다.

부적격 통지 이후 세액 추징 및 납부 절차는 다음과 같습니다.

1. 회사가 세무서의 부적격 통지 내용을 근로자에게 즉시 전달
2. 급여 지급 시 당초 원천징수했어야 할 세액의 미달분 계산
3. 미달 세액 합계에 105%를 곱하여 가산 금액 산출
4. 산출 금액을 해당 월 원천징수세액에 더해 신고 및 납부

부적격 통지를 받았다면 다음 사항을 점검해야 합니다.

1. 추징 세액 정확성 확인: 급여 명세서의 원천징수 항목과 감면 세액의 105% 일치 여부 대조
2. 부적격 사유 소명 준비: 홈택스 답변 확인 및 세무서에 증빙 자료를 제출하여 이의 제기
3. 감면 적용 중단 점검: 부적격 통지 이후 급여 수령 시 정상 세율 적용 여부 확인

정리하면 부적격 통지를 받았을 때는 추징 금액이 정확한지 먼저 확인하고, 감면 요건을 충족한다면 증빙 자료를 준비해 대응해야 합니다.