공동사업합산과세가 적용될 때 합산대상자인 특수관계인이 이미 납부한 중간예납세액은 주된 공동사업자의 종합소득 산출세액에서 공제됩니다. 합산대상자의 소득금액이 주된 공동사업자에게 합산되어 과세되므로, 해당 세액을 주된 공동사업자의 기납부세액으로 인정하는 것입니다.

조세 회피 목적 등으로 공동사업합산과세가 이뤄지면 주된 공동사업자가 합산된 전체 소득에 대한 세금을 납부하게 됩니다. 이때 이중과세를 방지하고자 합산대상자가 미리 낸 세금을 주된 공동사업자의 기납부세액으로 간주하여 차감합니다. 이는 「소득세법」에 근거한 처리 방식입니다.

아래는 상황별 중간예납세액 공제 적용 여부를 정리한 표입니다.

주된 공동사업자의 세액 공제 확인 사항

1. 납부 내역 대조: 홈택스나 위택스에서 합산대상자의 중간예납세액 금액과 납부 일자를 확인합니다.
2. 신고서 항목 점검: 종합소득세 확정 신고 시 '공동사업 합산대상자 기납부세액'란에 금액이 정확히 반영되었는지 확인합니다.
3. 증빙 서류 준비: 특수관계임을 증명할 수 있는 서류를 갖추어 과세관청의 확인 요청에 대비합니다.

따라서 합산대상자의 소득이 주된 공동사업자에게 합산되어 과세된다면, 해당 대상자가 미리 납부한 세금은 주된 공동사업자의 세액에서 정상적으로 공제됩니다.