연말정산과 종합소득세 신고를 모두 수행하는 경우 연금계좌 세액공제는 중복하여 적용되지 않습니다. 최종 종합소득세 신고 시 합산된 소득 금액을 기준으로 한 번만 적용됩니다.


연말정산과 종합소득세 신고를 모두 수행하는 경우 연금계좌 세액공제는 중복하여 적용되지 않습니다. 최종 종합소득세 신고 시 합산된 소득 금액을 기준으로 한 번만 적용됩니다.
세액공제율을 결정하는 기준은 총급여액이 아닌 종합소득금액입니다. 「소득세법」에 따른 연금계좌 납입액 공제 한도와 소득별 공제율은 다음과 같습니다.
| 구분 | 세부 기준 |
|---|---|
| 공제율 (종합소득금액 4,500만원 이하) | 납입액의 15% 적용 |
| 공제율 (종합소득금액 4,500만원 초과) | 납입액의 12% 적용 |
| 연금저축계좌 납입 한도 | 연간 600만원까지 인정 |
| 퇴직연금 포함 합산 한도 | 연간 최대 900만원까지 인정 |
개인종합자산관리계좌(ISA) 만기 금액을 연금계좌로 전환 납입한 경우 추가 공제가 가능합니다. 전환금액의 10% 또는 300만 원 중 적은 금액을 추가로 공제 한도에 포함합니다.
연말정산 시 근로소득 기준으로 15% 공제율을 적용받았더라도 종합소득 합산 금액이 4,500만 원을 초과하면 공제율이 12%로 낮아집니다. 이 경우 차액만큼 추가 세액이 발생할 수 있으므로 종합소득세 확정신고 시 기납부세액을 차감하여 정산합니다.